te monti tutto e non ci entri nel bios, intanto vedi se senza toccare nulla il pc va, poi se ci sono problemi si può vedere dove smanettare con il bios... non progettiamo un'operazione a cuore aperto per un'unghia incarnita, ecco... 
per quanto riguarda le periferiche integrate, solitamente le schede madri (anche se dipende molto dal grado di stagionatura) hanno quantomeno la scheda di rete e la scheda audio (a volte anche la scheda video sui pc per ufficio, ma è più raro) integrate, se non ti servono non è un problema, solo che forse (non è detto) andranno disabilitate da bios per evitare conflitti con le schede vere e proprie...
per quanto riguarda le periferiche integrate, solitamente le schede madri (anche se dipende molto dal grado di stagionatura) hanno quantomeno la scheda di rete e la scheda audio (a volte anche la scheda video sui pc per ufficio, ma è più raro) integrate, se non ti servono non è un problema, solo che forse (non è detto) andranno disabilitate da bios per evitare conflitti con le schede vere e proprie...